分子蒸餾器廠的分子蒸餾設備在沸騰的薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，在進行使用時對微小的壓力將就會引起蒸汽的流動，分子蒸餾設備內有一個內置冷凝器在加熱面的對面，并使得操作壓力降到0.001mbar，分子蒸餾設備在進行使用時具有其較低的沸騰溫度，在進行使用時非常適合其熱敏性以及高沸點物，其基本構成，在進行使用時帶有加熱夾套的圓柱型筒體，轉子和內置冷凝器;在轉子的固定架上精確裝有刮膜器和防飛濺裝置。內置冷凝器位于蒸發器的中心，轉子在圓柱型筒體和冷凝器之間旋轉。
　　分子蒸餾設備在進行蒸餾的過程中，其物料是從蒸發器的頂部有效的加入的，在進行使用時會有效的經過其轉子上的料液分布器有效的將其連續均勻的分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推進，從加熱面上逸出的輕分子，經過短的路線和幾乎未經碰撞就到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于蒸發器底部的出料管排出;殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。
　　分子蒸餾器廠的分子蒸餾設備從液相主體向蒸發表面擴散通常，液相中的擴散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，所以應盡量減薄液層厚度及強化液層的流動，蒸發速度隨著溫度的升高而上升，但分離因素有時卻隨著溫度的升高而降低，所以應以被加工物質的熱穩定性為前提，選擇經濟合理的蒸餾溫度。